基点2はCAD上でどのように設定するのかが知りたいです。

基準点の設定は、Webデータコンバータで行います。
Webデータコンバータにはあらかじめ、「基準点A」「基準点B」という名前の2点の基準点が設定されています。

この二つの基準点を、Webデータコンバータ上で移動させることで、CADの図面上に基準点を設定します。