ipadで投影する際にどうしてもホロレンズに比べると精度が低くなってしまいます。基準点2点設置以外になにかコツなどはあるのでしょうか。

iOS版ビューワは、手で保持して中空で確認した場合、再度その位置で再確認が難しい点や、立体的に見えないので、正確な投影位置が分かりづらいことから、精度の確認手法がHoloLens版ビューワと比べて難しく、精度を出しにくいというのはあるかと存じます。
これはHoloLens版ビューワと同様の考え方ですが、精度低下への対策としては、iOS端末のカメラに、できるだけ多くの特徴的なパターンを映しながら確認すること（壁や床だけを映し続けると、特徴量が少ない為、精度が悪くなる可能性があります）や、対象物に近付き過ぎないこと（センサーが誤認識する可能性や、対象物が近すぎると特徴量が減る為、精度悪化に繋がる可能性があります）などが考えられます。
※ここでの特徴量は、映像としてみた場合に、光の明暗が大きく変わることによる境界を特徴点として捉えるため、影や線、模様などが特徴点として内部で自動的に判定されます。システム上、特徴点が視認できるわけではありません。