GyroEyeインサートとGyroEyeのデータは同じCMS(?)上に置かれるのでしょうか？同じ場合に見分けはつきますか？

GyroEyeとGyroEyeインサートのデータは、同じサーバ上に保存されます。
ふたつの違いは、Webデータコンバータでは、アイコンと文字列により見分けることができます。

GyroEyeビューワでは、アイコンで見分けることができませんが、プロジェクト名を工夫することで見分けることができるかと存じます。